Πολιτική και άδικη θεωρεί τη δίωξη του και ο υπαρχηγός της οργάνωσης, ΧρήστοςΠαππάς, ενώ ξεκαθαρίζει ότι ουδεμία σχέση έχει με όσα του καταμαρτυρούν στο κατηγορητήριο, «πολλώ δε μάλλον με κακουργήματα για τα οποία έχουν σχηματιστεί δικογραφίες για άτομα που ούτε τα γνωρίζει».
Είναι μια δίωξη, σημειώνει ο Παππάς, «καθαρά πολιτική για την οποία θέλω να πιστεύω και ελπίζω ότι δεν θα αποτελέσει μοχλό αυτής η ανεξάρτητη Ελληνική Δικαιοσύνη».
Αναφορικά με τις μαγνητοφωνημένες συνομιλίες που περιλαμβάνονται στη δικογραφία ο Παππάς επισήμανε ότι δεν υπάρχει καμία δική του συνομιλία. Μάλιστα μια συνομιλία που υπάρχει με συγκεκριμένο κινητό αριθμό τηλεφώνου στο όνομα Μιχαήλ Παππάς, ο υπαρχηγός ανέφερε ότι δεν έχει καμία σχέση με το άτομο αυτό και «σε καμία περίπτωση δεν το γνωρίζει».
Χαρακτηριστικά κατέθεσε ότι την υπόθεση Φύσσα την «πληροφορήθην το πρωί της επομένης ημέρας 18.9.2013, γύρω στις 9,30 , όπου όταν εκλήθην να παραστώ στη διαδικασία ερεύνης των γραφείων μας της οδού Δεληγιάννη». «Δεν έχω καμία απολύτως σχέση με το περιστατικό αυτό για το οποίο εκφράζω τη θλίψη μου, καταδικάζοντας κατηγορηματικά τον οποιοδήποτε δράστη και η όποια πράξη ουδέν πολιτικό όφελος θα προσέφερε στη Χρυσή Αυγή», συνέχισε ο Παππάς.
Σε άλλο σημείο της απολογίας του ο Παππάς είπε ότι «βαθιά πεποίθηση δική μου είναι, τόσο λόγω πολιτικής όσο και θρησκευτικής πίστης ότι σε ένα σύγχρονο ευνομούμενο κράτος η βία πρέπει να είναι καταδικαστέα από όλους, αφού εκτός των άλλων δεν αποτελεί και τον καλύτερο οδηγό για την πρόοδο και την ευημερία».
Ζητήθηκε από τον ανακριτή να διευκρινίσει ο Παππάς εάν υπάρχει οποιαδήποτε ιδεολογική ή άλλη συνάφεια του Γερμανικού εθνικοσοσιαλισμού με τις θέσεις και απόψεις της Χρυσής Αυγής και ο υπαρχηγός απάντησε: «Δεν υπάρχει ουδεμία πολιτική συνάφεια. Η Χ.Α. πρεσβεύει την ιδεολογία του λαϊκού εθνικισμού και αγωνίζεται για εθνική ανεξαρτησία και αξιοπρέπεια και για κοινωνική δικαιοσύνη… Η Γερμανία επετέθη κατά της πατρίδας μας, αποκρουόμενη ηρωικά από το γενναίο Ελληνικό στρατό, προξένησε όμως χιλιάδες θανάτους, πόνο και δυστυχία την περίοδο της κατοχής και γενοκτονίες μαρτυρικών χωρίων σε όλη την επικράτεια. Πολιτικά και ιδεολογικά δεν μπορώ να έχω τις αυτές πεποιθήσεις με ξένους εχθρούς που έβλαψαν την πατρίδα μας».
Ως προς τα ευρήματα στην πατρική του κατοικία στην Ανατολή Ιωαννίνων (πολεμικά κράνη, αφίσες,φυλλάδια, βιβλία, κ.λπ.) ο Παππάς ισχυρίστηκε, μεταξύ των άλλων, ότι είναι συλλεκτικά διαφόρων περιόδων, καθώς είναι συλλέκτης γνωστός στους συλλεκτικούς κύκλους, ενώ για τα βιβλία που βρέθηκαν, είπε ότι τα έχει από τα γυμνασιακά του χρόνια.
Να σημειωθεί ότι η προφυλάκιση του υπαρχηγού αποφασίστηκε γιατί «δεν επαρκούν οι περιοριστικοί όροι, αφού προέκυψαν σοβαρές ενδείξεις ενοχής, καθόσον από τα στοιχεία της δικογραφίας, το κατασχεθέν στην οικία του έγγραφα, τη συμπεριφορά του και ειδικότερα την εμφάνιση αυτού στις αστυνομικές αρχές, μετά την παρέλευση ικανού χρόνου από τη σύλληψη των λοιπών κατηγορουμένων (το μεσημέρι της επόμενης μέρας), προκύπτει η εξακολουθητική, συστηματική και συντονισμένη δράση του, με τη θέση του ηγετικού στελέχους στην οργάνωση και τη δυνατότητα καθοδήγησης και κρίνει με βάση τα ανωτέρω χαρακτηριστικά, ότι αν αφεθεί ελεύθερος, είναι πολύ πιθανό να διαπράξει και άλλα αδικήματα».