Περίπου δύο λεπτά αφότου εισήλθε στον αιγυπτιακό εναέριο χώρο, χάθηκε το στίγμα του πολιτικού αεροσκάφους της EgyptΑir. Εκείνη την ώρα βρισκόταν 7 μίλια νοτιοανατολικά της θέσης Κούμπι στην ανατολική Κρήτη, όπως δήλωσε ο διοικητής της Υπηρεσίας Πολιτικής Αεροπορίας Κωνσταντίνος Λιντζεράκος.
Η ώρα ήταν 03:29 τα ξημερώματα. Στις 03:26 ώρα Ελλάδος, ήταν η τελευταία επικοινωνία του ελληνικού πύργου ελέγχου με τον πιλότο, ο οποίος ωστόσο δεν απάντησε. Αμέσως οι ελληνικές Αρχές κινητοποίησαν τις δυνάμεις έρευνας και διάσωσης, ενώ επικοινώνησαν και με την αιγυπτιακή πλευρά, η οποία ωστόσο αγνοούσε τα δεδομένα για το αεροσκάφος.
Όπως είπε ο κ. Λιντζεράκος στην επικοινωνία που είχε ο Πύργος Ελέγχου του FIR Αθηνών με τον πιλότο στις 02:55 τα ξημερώματα, ενώ βρισκόταν πάνω από τη νήσο Κέα, εκείνος δεν ανέφερε κανένα πρόβλημα. Μάλιστα τήρησε όλες τις συντεταγμένες που του δόθηκαν μέχρι να βγει από τον εναέριο ελληνικό χώρο.
Το αεροσκάφος την ώρα της εξαφάνισής του βρισκόταν στα 37 χιλιάδες πόδια και η ταχύτητά του ήταν 519 μίλια.
Σύμφωνα με πληροφορίες, καπετάνιος εμπορικού πλοίου φέρεται να είδε μία λάμψη στον ουρανό περίπου 130 μίλια νοτιοδυτικά της Καρπάθου.