Μετά την κλήρωση του Champions League για τον Ολυμπιακό και την ΑΕΚ, Παναθηναϊκός, ΠΑΟΚ και Πανιώνιος έμαθαν τους αντιπάλους τους στον 3ο προκριματικό γύρο του Europa League όπου η πρώτη εκτίμηση είναι αρκετά καλή. Ειδικά για τον Πανιώνιο που είχε στον όμιλο του μεγαθήρια, αλλά κατάφερε να τα αποφύγει.
Πρώτος κληρώθηκε ο Παναθηναϊκός που θα αγωνιστεί με τον νικητή Γκαμπάλα (Αζερμπαϊτζάν) – Γιαγκελόνια (Πολωνία) όπου το πρώτο παιχνίδι είχε έρθει 1-1. Οι πράσινοι είχαν αντιμετωπίσει και το 2015 τους Αζέρους, που τον είχαν αποκλείσει προκαλώντας πολλά δεινά, ενώ η Γιαγκελόνια είχε αντιμετωπίσει πριν από λίγα χρόνια τον Άρη.
Ο Πανιώνιος ακολούθησε μετά και θα αντιμετωπίσει το νικητή της αναμέτρησης Μακάμπι Τελ Αβίβ (Ισραήλ) – Ρέικιαβικ (Ισλανδία) με τους Ισραηλινούς να έχουν κερδίσει εντός έδρας με 3-1
Τέλος ο ΠΑΟΚ θα αγωνιστεί με την ουκρανική Ολιμπίκ Ντονιέτσκ με τον πρώτο αγώνα στην Ουκρανία.