Σε βάρος τουλάχιστον 27 στελεχών της ΕΠΟ, το διάστημα 2006-2011, στρέφεται η ποινική δίωξη για το αδίκημα της κακουργηματικής απιστίας την οποία παρήγγειλε ο εισαγγελέας οικονομικού εγκλήματος Παναγιώτης Αθανασίου, για τις κάρτες υγείας των αθλητών, που φέρονται να ζημίωσαν το Δημόσιο με περισσότερο από εννέα εκατομμύρια ευρώ.
Ανάμεσα στα πρόσωπα που διώκονται είναι ο πρόεδρος της ΕΠΟ Γιώργος Σαρρής, οι πρώην πρόεδροι Βασίλης Γκαγκάτσης και Σοφοκλής Πιλάβιος, ο πρώην αναπληρωτής πρόεδρος και νυν σύμβουλος Γιάννης Οικονομίδης και 23 μέλη του διοικητικού συμβουλίου της Ομοσπονδίας που συμμετείχαν στις επίμαχες συνεδριάσεις κατά τις οποίες ελήφθησαν οι επίμαχες αποφάσεις για την κάρτα υγείας.
Η υπόθεση αφορά συμβάσεις της ΕΠΟ με δυο εταιρίες που ανέλαβαν να πραγματοποιούν ιατρικές μετρήσεις σε ποδοσφαιριστές. Η πρώτη σχετική σύμβαση υπογράφηκε στις 22/9/2005 μεταξύ της ποδοσφαιρικής Ομοσπονδίας και της εταιρίας OPEDEK A.E και προέβλεπε τη δημιουργία κεντρικού συστήματος παρακολούθησης αθλητών σε θεραπευτήρια υγείας και 53 σταθμούς σε όλη τη χώρα καθώς και τουλάχιστον 250.000 μετρήσεις σε αθλητές. Προηγουμένως η ΕΠΟ είχε επιχορηγηθεί από την ΟΥΕΦΑ με 1 εκατομμύριο ευρώ.
Η επίμαχη εταιρία απορροφήθηκε και η σύμβαση παρέμεινε σε ισχύ με την εταιρία PC SYSTEMS, ενώ υπογράφηκε καινούργια σύμβαση στις 19/2/2010 για την αξιόπιστη μεταφορά βιολογικών δειγμάτων των αθλητών και την διενέργεια ειδικών εξετάσεων.
Σύμφωνα όμως, με τη δικογραφία, έπρεπε να να πραγματοποιηθούν 1,5 εκατομμύρια μετρήσεις αλλά τελικά έγιναν 15.530, αν και η ΕΠΟ πλήρωσε το σύνολο του ποσού, δηλαδή περίπου 9,7 εκατ. ευρώ.