Στο ΣτΕ κατά της αξιολόγησης προσέφυγε η ΑΔΕΔΥ, όπως επίσης και άλλες συνδικαλιστικές οργανώσεις. Στην προσφυγή τους οι συνδικαλιστικές οργανώσεις ζητούν να ακυρωθούν ως αντισυνταγματικές και παράνομες οι αποφάσεις του υπουργού Διοικητικής Μεταρρύθμισης με τις οποίες επεκτάθηκε η αξιολόγηση του προσωπικού των δημοσίων υπηρεσιών και στους εργαζομένους των ΟΤΑ α΄ και β΄ βαθμού, των ΝΠΔΔ, κλπ.
Οι συνδικαλιστικές οργανώσεις επισημαίνουν ότι οι σχετικές υπουργικές αποφάσεις -που όπως αναφέρουν έχουν τον χαρακτήρα εγκυκλίου- δεν δημοσιεύθηκαν στην Εφημερίδα της Κυβερνήσεως, με συνέπεια να είναι ανυπόστατες.
Υποστηρίζουν ακόμη ότι οι επίμαχες αποφάσεις παραβιάζουν σωρεία συνταγματικών διατάξεων.