Τα εισοδήματα της Εκκλησίας της Ελλάδος από την εκμίσθωση των αστικών ακινήτων της δεν απαλλάσσονται από τον φόρο εισοδήματος, οπότε καλώς κατέβαλε φόρο περίπου 2,9 εκατ. ευρώ για τα επίμαχα ακίνητα κατά την τριετία 2011-2013, έκρινε με τρεις αποφάσεις του το Β’ Τμήμα του Συμβουλίου της Επικρατείας (ΣτΕ).
Ειδικότερα, η Εκκλησία της Ελλάδος είχε προσφύγει στο ΣτΕ και ζητούσε να ανακαλέσει μερικώς, λόγω πλάνης, ο προϊστάμενος της Α΄ ΔΟΥ Αθηνών τις δηλώσεις φορολογίας εισοδήματος των ετών 2011-2013 (διαχειριστικά έτη 2010-2012), που την υποχρέωναν να καταβάλλει συνολικό φόρο ύψους περίπου 18 εκατ. ευρώ.
Επίσης, ζητούσε να αναγνωριστεί ότι το ακαθάριστο εισόδημα που δηλώθηκε από την εκμίσθωση των 164 αστικών ακινήτων της απαλλάσσεται από τον φόρο εισοδήματος και ότι για αυτόν τον λόγο πρέπει να της επιστραφούν περίπου 2,9 εκατ. ευρώ (εισόδημα από τα επίμαχα ακίνητα) ως αχρεωστήτως καταβληθείς φόρος εισοδήματος.
Ωστόσο, με τις υπ’ αριθμ. 1731-1733/2018 αποφάσεις του, το ΣτΕ (πρόεδρος η αντιπρόεδρος Μαίρη Σαρπ και εισηγήτρια η σύμβουλος Επικρατείας Ευαγγελία Νίκα) απέρριψε τις αιτήσεις της Εκκλησίας της Ελλάδος και επικύρωσε αντίστοιχες αποφάσεις του Διοικητικού Εφετείου Αθηνών.
Συγκεκριμένα, το ανώτατο ακυρωτικό δικαστήριο αποφάνθηκε ότι η απαλλαγή από τον φόρο που προβλεπόταν από το νομοθετικό διάταγμα 2185/1952 για τα νομικά πρόσωπα καταργήθηκε το 1971 με το νομοθετικό διάταγμα 1077/1971. «Έκτοτε η Εκκλησία της Ελλάδος ως Νομικό Πρόσωπο Δημοσίου Δικαίου μη κερδοσκοπικού σκοπού, κατά τα άρθρα 99, 101 και 109 του Κώδικα Φορολογίας Εισοδήματος υπόκειται σε φόρο εισοδήματος για τα εισοδήματα από τα παραχωρηθέντα σ’ αυτήν δυνάμει της σύμβασης του 1952 αστικά ακίνητα (σ.σ.: συνολικά είναι 164 ακίνητα)» αναφέρει το ΣτΕ.
Επίσης, σημειώνει ότι οι ρυθμίσεις του άρθρου 12 του νόμου 3842/2010 για την κατάργηση των φορολογικών απαλλαγών νομικών προσώπων κερδοσκοπικού ή μη χαρακτήρα δεν επέφεραν αλλαγή στις ήδη υφιστάμενες υποχρεώσεις για τα συγκεκριμένα ακίνητα της Εκκλησίας της Ελλάδος.